臭氧在制藥行業的應用非常廣泛，主要是針對潔凈間的滅菌。臭氧發生器的選型和安裝工藝是將外置式臭氧發生器通過接管接入HVAC系統的送、回風主管道的合適位置，其PLC控制系統可預置消毒時間等工藝參數。消毒時，關閉約90%新風進口閥門和回風對外排放閥門，使整個被消毒的潔凈室空氣通過凈化系統風道形成循環狀態。每日開機1H進行空氣滅菌，可替代化學藥劑熏蒸及設備表面滅菌需開機2-2.5H。也可在潔凈區內使用移動臭氧發生器或者壁掛式臭氧發生器，作局部滅菌消毒。